间充质干细胞可应用于修复/替代受伤或病变的多种组织器官，目前临床多用于血液系统疾病移植前后，促免疫造血重建，预防治疗GVHD等。

同时还具备治疗神经系统疾病（中风、脊髓损伤、老年痴呆、帕金森氏症、脑瘫等），自身免疫性疾病（系统性红斑狼疮、银屑病、硬皮病等），心血管疾病（冠心病、高血压、心衰等），组织损伤修复（骨质疏松、软骨损伤、肌腱损伤、烧烫伤等），代谢性疾病（肝硬化、糖尿病等）等多种疾病的潜力，为目前一些无法有效治愈的重大疾病提供了崭新的治疗方案，而且，间充质干细胞还可用于医学美容及保健强身。